外宇宙から現れた謎の光が地球に向けて進んでいく。その光球飛行物体が通り過ぎていった各惑星の前線基地からの通信が次々と途絶し、さらに光球飛行物体は急速に地球に接近、地球側も迎撃ミサイルで応戦するも効果はなく、地球上に悠然と降り立ったそれは、超大型ミサイルであった。そして後から地球に押し寄せて来た大艦隊の奇襲攻撃に地球艦隊は為すべも無く壊滅し、地球は瞬く間に制圧される囧探查过界粤语版
暗黒星団帝国はヤマトの在処を示せと要求、超大型ミサイルは重核子爆弾で、地球の中間子質量を破壊し、人類の脳細胞を一挙に死滅させることが出来ると脅してくる。
古代達ヤマトの乗組員達は、英雄の丘に集結、森雪のもたらした地球防衛軍長官からの極秘命令を受け小惑星イカルスへと向かう。しかし森雪は途中で負傷し、一人だけ地球に取り残されることになる。地球から決死の脱出を果たした一行がイカロスに着くと、そこにはヤマトが隠されていた。
ヤマトの乗組員たちは、重核子爆弾の起爆コントロールが敵母星であることを突き止め、爆発を阻止するために40万光年の航海に旅立つ。
高山南 山口胜平 山崎和佳奈 小山力也 林原惠美 岩居由希子 高木涉 大谷育江 绪方贤一 富田耕生 松井菜樱子 榊原良子 宝龟克寿 野上尤加奈 矶部弘 咲野俊介 石冢运升 茶风林 泽田敏子 皆口裕子 大川透 陶山章央 楠大典 柴田秀胜 三户耕三 梅津秀行 松本大 鸟海胜美 武田晶子 仓田雅世 小田敏充 知英 荣仓奈奈